绿牡丹一再用言语挑逗云龙，使云龙意乱情迷，在不知情的情况下喝下了云飞已在杯子上下药的洋酒，晕厥过去。云飞打开云龙手中的箱子却发现箱子中没有城防计划图，这时他才回想起李云鹤交给押送袁卓军官的公文包，城防图一定在那里。
云飞找到押送袁卓的包厢，拿到了城防计划图，不料这时云龙从昏迷中醒来，拿枪挟持住了绿牡丹，云飞与云龙进行了一场恶战，最终云龙被云飞踢出车厢，而绿牡丹为了救云飞也献出了生命。
绿牡丹的死令向来冷血的谭家麟也感到悲痛，不想这一事件却被袁卓利用，他带着党通局的人闯入谭家麟的办公室，以谭家麟老婆绿牡丹通共截取济南城防计划图一事将谭家麟逮捕。至此谭家麟因绿牡丹最终在与袁卓二人的官斗中败下阵来。
与此同时，共产党已占领济南，云龙跑回保密局，发现此时李云鹤早已逃跑，李云鹤留下信件安排云龙带手下到南部山区潜伏。临走前云龙来到秋红住处与秋红道了别。云龙带着手下在逃跑的过程中，不料碰到了李德，李德让云龙和他到师父的灵堂前向师父认错。谁知，李德早已在灵堂里设下重重机关，李德的重重机关将李云龙困在了灵堂，云龙吃力躲闪，但因其轻功而毫发无伤，李德遂决定于云龙同归于尽，引爆了灵堂里的炸药，炸毁了灵堂，没想到云龙逃了出来，云龙恼怒，决定杀了师叔李德，不想此时云飞已赶来，云龙逃之夭夭。云飞要带李德回家，不料李德口吐鲜血，才知在灵堂里已被云龙击中要害，就此死在李显坟前。
燕归来第40集剧情介绍解放大军进驻济南，昔日的警察局已变成了公安局，李云飞成了公安局治安科的科长。有人到公安局举报，在玉和堂药店发现了国民党特务的行踪。马洪国立马带人前去搜查，李云龙凭借过人耳功，迅速逃跑，马洪国带人一路追捕，逃到了山间的小土山上，马洪国将土山包围，李云龙自知无处可逃，于是将自己"吊死"在枯树之上。当马洪国发现李云龙时，发现李云龙已经没了脉搏，将他送到了医院的太平间。
云飞得知云龙吊死后，忙前往医院太平间确认，谁想，云龙早已逃之夭夭。马洪国不解，云飞告诉他云龙是用了闭气功蒙骗了公安。
云龙逃到荒野，不想毒瘾再犯，为了搞到大烟他杀害了一位老中医。云龙频频作案，引起了上级领导的高度重视，对云飞等公安局战士做了重要指示：一不能逼案犯流窜到外地，二要生擒活捉，三要在开国大典前破案。
另一方面，云飞和白凝都去劝云馨还俗，希望在二人结婚的时候得到云馨的祝福，云馨却将二人统统拒绝。尚市长得知云馨放不下心结的事情，也来找云馨，告诉她一人向隅众人为之不欢的道理，云馨有所感悟，决定给大家一个交代。
云龙被公安局的战士逼得走投无路，只得回到秋红的住处，秋红虽然接纳了他，却也劝他自首。云龙不愿自首，这时屋外响起了警报声，原来是公安战士在周围巡防。
