一九四九年十二月三十日，成都人民喜迎解放军队伍进城。一片欢腾之中，一支冰冷的枪口正悄然对准解放军队伍。
七十八天前，新中国正式成立，蒋介石反动集团退守西南，总裁侍从室主任韩茂青及侍从叶宇飞受命护送。得到消息的民间武装力量“振兴会”头目许东决定在途中对蒋进行刺杀。大战于成都郊外爆发。但实际上，这是蒋介石设下的圈套，他本人根本就不在现场。许东等人遭到埋伏，死伤惨重，危急关头，叶宇飞以暗号相助，终于突围脱险。原来叶宇飞和许东是抗日战争时期的旧识，曾经并肩作战，许东对叶宇飞此举感到疑惑，打算择日对其试探。
保密局蓉站站长何琳接到西南站马成峰的命令，彻查护送行动泄密一事。何琳与红旗特务“天山”接头，掌握了代号“三哥”的地下党电台小组的行踪，并得知“磐石”被唤醒。行动队长马斌受何琳命令带队剿灭“三哥”。“三哥”将电台托付给叶雅颖后，为掩护她撤离，全组牺牲。马斌带队追杀叶雅颖至叶府。叶雅颖险些暴露，幸得父亲叶宏泽将军维护，由叶母招来的旧部逼退了马斌。
次日，叶雅颖前往吉昌酒馆，与地下党成都负责人老李见面，接受了在锦春茶楼与“磐石”接头并协助其工作的任务。但很快，消息就被泄露给了保密局……
智斗古城第2集剧情介绍锦春茶楼，许东执意试探叶宇飞未果，离去时与保密局撞个正着，双方交火。前来接头的叶雅颖与哥哥叶宇飞不期而遇，两人趁乱离开，临走前，叶宇飞和何琳认出了彼此。监视叶宇飞的何琳、马斌等人一时将注意力转向振兴会，在街道上与许东、老三等人展开巷战。
许东和老三回到根据地，对叶宇飞的态度勃然大怒，老二丁大海劝其从长计议，准备再次与情报源头兴盛米行老板接触。
夜深人静时，叶宇飞与何琳各自不约而同地回想起过去抗日战争时，生死相依的种种往事。
次日，叶雅颖重新与“磐石”接头，却等来了自己的哥哥叶宇飞。惊慌之下，她回到吉昌酒馆向老李回报。叶宇飞尾随而至，与老李化解误会，原来他正是“磐石”。老李指示叶宇飞劝说其父叶泽宏将军为解放事业工作，并给了他一份策反名单，让叶雅颖拍发。
智斗古城剧照
何琳再度与“天山”接头，此人竟是叶雅颖的恋人、电话局处长：罗仁贤。罗仁贤向她提供了兴盛米行老板具有重大嫌疑的情报。
何琳、马斌展开行动，围捕兴盛米行钱老板，丁大海为保护组织，枪击钱老板，何琳下令全城戒严，由特务押送钱老板回保密局，混乱之中，钱老板被杀，开枪的竟是保密局副站长吕鸿儒。
西南军官协会上，叶泽宏分析局势，他的影响力很强，众多军官表示愿意追随。
叶宇飞协助许东丁大海出城，并要求老李调查两人。 叶雅颖从电话局内部通过接线调查特务，险些被罗仁贤发现。另一方面，保密局根据所掌握的情报，再次将矛头指向了叶家。
智斗古城第3集剧情介绍何琳下令将电台测向仪安置到叶府附近，并向马成峰取得了秘密调查叶宇飞的许可。马成峰与韩茂串通，由韩茂青在侍从室内部也派人监视叶宇飞。
叶宇飞很快察觉到被监视，与老李商量之后，订下了摆脱嫌疑的计划。
次日，叶雅颖约罗仁贤游山玩水，叶宇飞则陪母亲到戏院看戏，而马斌带领的特务们则全程监视着他们。电台发报再次出现，但两人完全在监视之中，何琳疑惑之余，带队抓捕电台。小周与发报员撤退，被何琳逼入死胡同，发报员负伤，掩护小周撤退，牺牲了自己，小周也险些被俘，千钧一发之际，赵掌柜和二楞及时赶到，救走了小周。
特务追查至吉昌酒馆，好在赵掌柜和二楞巧妙应付了过去。
何琳、马斌受到马成峰责备，他们一番合计，怀疑这是共产党布置的假象。进而继续对叶家兄妹监视。
叶宇飞和叶雅颖商议之后，决定转移电台，然而就在半路上，保密局设下圈套，假造交通事故，藏有电台的箱子被由特务伪装的小偷偷走了!特务在逃跑途中被警备司令部稽查队截获，连人带箱子被扣了下来，叶宇飞来到稽查处，向处长周迅予交涉。周迅予则坚持要开箱检查。
箱子打开了，里面不过是叶雅颖的衣物。周迅予尴尬之余想要化解此事，叶宇飞则察觉到问题，执意要追查“小偷”的真实身份。
智斗古城第4集剧情介绍稽查队刑讯“小偷”，得知了他的真实身份。周迅予得知此事，更为恼火，马成峰指示，杀人灭口。
叶宇飞来到监狱，却看到“小偷”已经死了。他向周迅予表示，一定会报告韩茂青，继续深究此事。但当韩茂青介入之时，却被告知尸体已经火化了，死无对证。叶宇飞进而提出自己受到保密局监视，且保密局对侍从室也有所图。韩茂青大为光火。
保密局方面，马成峰察觉到叶泽宏是地下党的主要策反对象，命令何琳对其严密监视。
军官会议上，叶泽宏继续向众将领分析形势，他看破了蒋介石的意图，并为之不齿。就在这时，老李登门求见。
保密局对叶宇飞的监视仍在继续，叶宇飞当众揭穿了一名特务的伪装，给了马斌一记下马威，不仅如此，还利用这次机会制造时间差，顺利转移了电台。
老李与叶泽宏会面，虽然叶泽宏表示他同情共产党，但是却没有进一步合作的意向，老李只得暂时离去。
屡次失败的何琳决定将重点转移到叶雅颖身上，她乔装打扮跟踪叶雅颖，寻找叶雅颖是共产党的蛛丝马迹。叶雅颖亦有所察觉，立刻回到家中与叶宇飞商量。就在这时，他们接到了母亲被绑架的噩耗，而绑匪的来信上，落款赫然写着“共产党游击队”。
叶泽宏和老李同时察觉到，这是保密局的诡计，老李方面与叶宇飞迅速商议出了对策，而在叶泽宏陷入沉思的时候，马成峰带着大量保密局特务来到了叶府，号称要接替叶府的保卫工作。
