王怀远苦恼之后还是决定拿出钱来先救赵化民，然后跟满天红一起去找钱子槐商量通融。
起初钱子槐坚决不同意让步，并坦言这批军火如果王怀远不要，他可以卖给保安团的田德贵。王怀远得知他妻子难产，所有西医都束手无策，也赶去医院救人。王怀远运用了中医疗法为钱子槐的妻子回正了胎位，保其母子平安，钱子槐非常感激，答应王怀远可以把全部军火带走他将不够的钱垫上。
宋文清带来赵化民给王怀远，王怀远把剩下的一百两金子给他，带走了赵化民。
王怀远带着军火和金子回到老鹰崮，大家都兴致勃勃要跟田德贵干上一场，但是王怀远却让大家按兵不动加紧操练，然后让侯七去侦查田德贵的行踪。
田德贵得知王怀远买了军火，更加紧张，贴了告示找熟悉卧龙山老鹰崮的人，崔老黑毛遂自荐，为了找王怀远报仇。
上山后侯七将崔老黑帮助田德贵功山的消息告诉了王怀远，王怀远更加挂心当时崔老黑是从哪儿逃走的，然后让侯七等在山上仔细搜寻，终于再后山找到了一处密道，正是崔老黑当时逃跑的地方。侯七主张炸掉密道，以绝后患，免得崔老黑借此带人上山，王怀远却要留下密道。丁五向满天红告白，满天红却拒绝了他并告诉他她的心里已经有人了。
王怀远嘱咐谷子找一批人先操练轻机枪，而田麦穗要教他们识字，两人因此闹起了不愉快。
神医将军分集剧情介绍 第二十集王怀远为了保护女眷，让丁五通知满天红准备下山。满天红却找到王怀远说愿意和虎旗军同生共死。
田德贵原意也只是利用崔老黑拿下老鹰崮生擒王怀远，就干掉崔老黑的。不料王怀远在上山的路上布置了陷阱，田大棒子等人犹豫着不敢向前。崔老黑前面带路，随着另一支队伍上山从密道进入。谁知王怀远早就命人在崔老黑原来的密道里都涂满曼陀罗的液体，崔老黑进入之后被迷晕，出现幻觉，王怀远顺利逮捕崔老黑。田德贵知道被王怀远算计，仓皇下山，损失惨重。
丁五带着众女眷在战斗开始前就下山，但是满天红假借上厕所方便偷偷跑回山上，谁知半道上遇到脱逃的崔老黑，丁五为了掩护满天红身受重伤。王怀远等人及时赶到，救下受伤的满天红跟丁五，抓住了崔老黑。崔老黑最后被村民以及满天红等与之有深仇大恨的人们处死。
田麦穗劝说王怀远整顿队伍戒骄戒躁，改变对虎旗军的管理方式建造一支有理想的队伍，王怀远听不进劝说，两人吵了一架田麦穗带下了山。赵化民伤好之后，执意离开虎旗军，要去济南继续地下工作，临行前劝说王怀远，一定要把田麦穗给他说的话放在心上。
虎旗军在老鹰崮发展的已经略具规模，但是虎旗军内部开始出现一些问题。
首先是大片刀跟小芹菜，二人私定终身被发现，小芹菜的亲爹张疙瘩非常气愤，坚决反对二人结婚。
神医将军分集剧情介绍 第二十一集王怀远用了苦肉计，在张疙瘩面前假装杀了大片刀，张疙瘩略有后悔，最后终于被王怀远说服，同意二人成亲。王怀远自此认识到虎旗军人心要稳，让兄弟们能到年纪顺利成家也非常重要，决定给到了年纪的兄弟们找到合适的对象。
在这期间，满天红对王怀远的感情也更进一步，就在准备大片刀婚礼的过程中，赵化民顺利的把王怀远的两个儿子王百会王涌泉带回老鹰崮，王怀远非常高兴。
田德贵为了绞杀王怀远，向日军投诚，田麦穗与之彻底闹翻，离家出走，与赵化民接上头，奔赴前线参加抗战。
回来的王涌泉却敏感的察觉到了家人之间的变化，尤其是看到满天红俨然一幅虎旗军总指挥夫人的样子，就非常不高兴，处处找满天红的麻烦，终于在一次银杏为给王怀远上山采药受伤，王怀远训斥了银杏之后，王涌泉心疼银杏伤心，彻底爆发，与王怀远大吵一架，坚决反对他跟满天红的婚事，并且说出了银杏早年为了照顾他们兄弟俩失身的事，让众人都非常震惊。王怀远安排满天红和丁五下山建立情报点，亲自为二人做媒，恳求丁五一定要保护好满天红。二人下山后成亲住在老鹰崮下的金水城，但是与王怀远一直有联系，并随时带去金水城内关于日本人以及其对虎旗军行动的消息。
赵化民去见到王怀远，带去日本人已经侵华，占领济南的消息，王怀远跟赵化民商量如何反击自卫，王怀远答应赵化民帮忙运粮食，协助张自忠的五十九军共同抗击日军。虎旗军在运粮途中，与共产党的游击队相遇，田麦穗恰好是游击队的卫生队队长，但因为战斗紧张，一直没有见面。
神医将军分集剧情介绍 第二十二集田德贵投诚佐藤俊二，成了皇协军，在佐藤俊二指挥下，进攻金水。
虎旗军成功将粮食运到前线，只是战事紧急，五十九军病员困乏，调派不开，王怀远主动请缨，带领虎旗军替五十九军驻守刘官庄，打击日军。谁知这次的合作对象正是宋文清，宋文清不满王怀远，要保存自己的兵力，王怀远则不惜兵力与佐藤俊二的队伍正面对抗。
佐藤俊二派人去劝降王怀远，王怀远派侯七跟虫草换上来使的衣服顺着电话线摸到了佐藤俊二的大本营所在。战斗中，王怀远与宋文清多次意见不合，王怀远甚至干脆抓起了宋文清。侯七会日语带领王怀远、大片刀等人顺利潜入，直接进攻了敌人的指挥所。为取得了临沂大捷立下大功。
刁四发现了满天红和丁五也在城里，为了不引起刁四怀疑丁五说跟王怀远早就翻脸，现在只是在金水城内唱戏为生，骗过刁四，留在了金水城内。
战斗告一段落之后，伤员中有人患了坏疽，田麦穗治疗的过程中与王怀远不期而遇，二人分外高兴，但是因为战斗中死伤惨重，以无暇过多顾及感情，二人相互鼓励。虫草跟护士喜妞也彼此都有好感。
神医将军分集剧情介绍 第二十三集虎旗军返回的途中，让冯一刀带路，谁知冯一刀误喝医用酒精中毒，将队伍带到了日军的后方包围圈。
侯七等人俘虏来两个日军押送一个受伤的中国军官，王怀远等人救下中校，得知日军正在攻打台儿庄，但是驻守台儿庄的部队就快撑不住了，王怀远决定也参与台儿庄的战斗。侯七抓到一个日军的通讯兵，从其身上搜出了日军的地图，决定捣毁日军的战地油库然后突围。
台儿庄战役是王怀远自愿帮忙，而且攻打起来难度很大，所以他也让虎旗军的弟兄自己拿主意，挑出一些敢死队的队员，虫草、侯七、冯一刀等都在其中，众人立下生死状悲壮上阵。战斗中，冯一刀身上背着炸药冲向了油库，敢死队基本都战死，侯七、虫草等人最终终于炸毁了日军战地油料库。王怀远等人此时已经带着伤员家眷开赴卧龙山。
大片刀等人在追赶日军的过程中，染上坏疽，坏疽越来越严重，再不治疗就必须截肢，而虎旗军现在没有足够多的药，王怀远为了保住众兄弟，想起《火器医鉴》上有类似的药方能治，但是少了一味药，于是王怀远亲自试药，终于在紧要关头试出药材，及时的救了大片刀等人。
日军占领金水城，佐藤俊二下令用大炮直接轰炸老鹰崮。丁五和满天红及时打探，丁五上山给虎旗军送来消息。
